Al dicastero presieduto da Stefania Prestigiacomo è stato restituito un ruolo nei processi decisionali che riguardano le grandi opere energetiche infrastrutturali, comprese le centrali nucleari, superando la precedenti disposizioni del primo testo del decreto anti-crisi. Questo era stato aspramente criticato dalla Prestigiacomo perchè considerato come un tentativo di soppressione del ruolo del ministero dell'Ambiente nel delicato iter autorizzativo per la realizzazione di centrali di produzione e per le reti di distribuzione di energia, esautorando ogni ruolo degli enti locali. Tuttavia il ministero sarà coinvolto solo nelle misure urgenti in materia di energia.
Le reazioni da parte delle opposizione e del mondo dell'associazionismo rimangono molto scettiche rispetto alle modifiche apportate al decreto. "Il tema rimane ed è di estrema rilevanza -dichiara Cogliati Dezza, presidente di Legambiente- .La strada dei commissariamenti ha già fallito. Per la realizzazione delle infrastrutture energetiche e per la localizzazione di impianti potenzialmente pericolosi come le centrali nucleari, il governo decide di esautorare gli enti locali, prevedendo poteri di sostituzione e deroga affidati a commissari straordinari. Una strada pericolosissima che minaccia la salute dei cittadini e dell'ambiente”.